根据《新疆维吾尔自治区疾病预防控制局职能配置、内设机构和人员编制规定》，自治区疾病预防控制局是自治区卫生健康委员会的部门管理机构，为副厅级。

自治区疾病预防控制局贯彻落实党中央关于疾病预防控制工作的方针政策和决策部署，贯彻落实自治区党委和自治区人民政府的工作要求，在履行职责过程中坚持党对疾病预防控制工作的集中统一领导。主要职责是：

（一）组织拟订自治区传染病预防控制及公共卫生监督的地方性法规草案、政府规章草案、政策、规划、标准，负责全区疾病预防控制网络和工作体系建设。

（二）领导全区各级疾病预防控制机构业务工作，制定监督检查和考核评价办法并组织实施。审核各地（州、市）疾病预防控制局的监测预警等规划计划和应急预案，指导开展监测预警、免疫规划和隔离防控等相关工作，建立上下联动的分工协作机制。

（三）制定并组织落实自治区免疫规划及严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施。负责预防接种监督管理工作，执行国家检疫、监测传染病目录，提出法定传染病病种调整建议。

（四）统筹规划并监督管理全区传染病医疗机构及其他医疗机构疾病预防控制工作，指导建立疾病预防控制监督员制度并组织实施，制定疾病预防控制系统队伍建设的政策并组织实施，协同指导疾病预防控制科研体系建设。

（五）规划指导全区传染病疫情监测预警体系建设，组织开展疫情监测、风险评估工作并发布疫情信息，建立健全跨部门、跨区域的疫情信息通报和共享机制。

（六）负责传染病疫情应对相关工作，组织开展流行病学调查、检验检测、应急处置等工作，拟定应急预案并组织开展演练，指导疾病预防控制系统应急体系和能力建设，负责应急队伍、志愿者队伍建设，提出传染病疫情应对应急物资需求及分配意见。

（七）负责传染病防治、环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生监督管理和职业卫生、放射卫生监督工作，组织查处重大违法行为，健全全区卫生健康综合监督体系。

（八）完成自治区党委、自治区人民政府交办的其他任务。

（九）职能转变。自治区疾病预防控制局应当强化对自治区各级疾病预防控制机构的业务领导和工作协同，建立健全疾病预防控制工作体系和网络，为维护人民健康提供有力保障。坚持将预防关口前移，健全多渠道监测预警机制，建立智慧化预警多点触发机制，推动公共卫生服务与医疗服务高效协同、无缝衔接，完善公共卫生重大风险评估、研判、决策机制，提高评估监测敏感性和准确性。优化资源配置，完善运行机制，坚持依法防控，落实早发现、早报告、早隔离、早治疗要求，推动构建常态化管理和应急管理动态衔接的基层治理机制，强化科研支撑体系，健全决策咨询体系，实现动态防控、科学防控、精准防控。